Осенью 1933 года Стефан Таранушенко был арестован по сфабрикованному делу. Его и порядка 20-ти других музейщиков обвинили в участии в «русско-украинском фашистском блоке». 24 февраля 1934 года был осужден на пять лет лагерей, лишен звания и степени. Среди обвинений ему инкриминировали экспедиции «в целях активизации деятельности контрреволюционной организации на Правобережье, вербовки новых членов на периферии». Наказание отбывал в районе Читы, где год считали за два, поэтому уже в сентябре 1936 года его освободили.

На фото: Стефан Таранушенко во время ареста в Байкало-Амурском исправительно-трудовом лагере. 1936 год. (Из архива Бориса Ткаченко)

Не получив разрешения на возвращение в Украину, после заключения он переехал в Пермь (оттуда родом была его жена), где устроился преподавать биологию на рабфаке.

В 1938 году Таранушенко вместе с женой переехали в Курск, где он не без проблем устроился старшим научным сотрудником Курской областной картинной галереи. Здесь он пережил немецкую оккупацию.

В 1950–1953 гг. Стефан Андреевич заведовал фондами Астраханской картинной галереи, а с 1953 года перебрался в Киев, где работал в Академии архитектуры.

Реабилитирован 5 сентября 1958 года.

В 1963 году вышел на пенсию. Остаток жизни Стефан Андреевич провел аскетом в маленькой комнатке в доме по ул. Димитрова в Киеве